En 1805, un intento fallido de dominación por parte de los habitantes de la parte occidental de la Isla. Hace que en su proceso de retirada, las tropas del general Jean Jacques Dessalines, incendien la Ciudad de La Vega, junto a otras ciudades del Cibao. Cuenta Guido Despradel en su libro «Historia de La Vega» que «Solamente la Iglesia y dos casas más de mampostería se libraron de la furia destructora del incendio a que sometiera a esta, y en aquel entonces risueña villa de Concepción de La Vega, el analfabeto Jean Jacques Dessalines. Y tal fue el terror que se apoderó de sus vecinos ante la irascible y brutal acometida de las huestesen derrota, que huyeron despavoridos a la montaña y a la espesura de los bosques, procurándose un seguro refugio del cual solamente los hizo salir, para volver a fundar vivienda sobre las cenizas de sus hogares un animoso religioso de la orden de San Agustín, expresamente enviado para realizar tan útil y necesaria labor de confianza y acercamiento».
La Ciudad es nuevamente fundada el 13 de marzo de 1813, cuando la isla después de haber pasado algunos años bajo el poder de Francia, vuelve a estar bajo el poder de la Corona Española. Hasta ser ocupación por los Haitianos en 1822.
Las calles de lo que hoy es el Centro Histórico de La Vega, son prácticamente las mismas calles trazadas en su segunda fundación en 1562 . Y luego mejoradas por el gobernador Haitiano Placide Lebrun, entre 1822 y 1844. Según Ing. Cesar Arturo Abreu, la ermita de San Sebastián Mártir, que fue alrededor de la cual los sobrevivientes del terremoto de ese año se asentaron, formando la nueva Ciudad.
De dicha época a la de la ocupación haitiana, su progreso fue lento y escaso en la obtención de beneficios materiales. Pero durante la intervención haitiana, La Vega contó con un gobernante muy progresista llamado Placide Le Brun, quien ordenó empedrar las primeras calles, a las que dio nombre. Se construyeron puentes y se estimuló la agricultura.
El 7 de mayo de 1842 la ciudad fue una vez más abatida por un terremoto, que destruyó las principales construcciones con que contaba, como el Palacio de Gobierno y la Iglesia. La Vega tomó entonces el triste aspecto que conservó por muchos años.
En los días de la Independencia Nacional la ciudad de La Vega se integró a la causa de la libertad, sirviendo de enlace el cura párroco prebístero José Eugenio Espinosa y Azcona. El 4 de marzo de 1844 La Vega formalizó su pronunciamiento en favor de la independencia, y ese mismo día se convirtió en el primer pueblo del país que izó el pabellón tricolor, confeccionado por las señoritas Villa.
El Comercio la agricultura y la industria, adquieren nuevo impulso con las inmigraciones provenientes de Santo Domingo, Santiago, Moca y otros lugares. El historiador Manuel Ubaldo Gómez señala que para esa época la instrucción pública sólo alcanzaba a las personas pudientes.
En ese se funda la Logia Masónica Concordia, primera instalada en el Cibao. Un grupo de jóvenes veganos funda la sociedad La Progresista, que había de contribuir de manera notable al engrandecimiento cultural de La Vega. También se construyó el primer teatro del país, que lleva ese mismo nombre.
Un hecho que vino a fortalecer de manera decisiva el desarrollo económico de la zona fue la inauguración del ferrocarril entre el puerto de Las Cañitas (Sánchez) y la ciudad de La Vega, producto del esfuerzo del benemérito Gregorio Rivas. En efecto, el transporte por ese medio de frutos y mercancías propició nuevas condiciones de vida a la sociedad vegana. En 1915 la ciudad recibe el nombre de ciudad culta, por su dedicación al arte y la cultura. En el lugar de las ruinas de la primera ciudad, existe un parque arqueológico y un pequeño museo. Con el correr de los años ha surgido un poblado llamado Pueblo Viejo, en honor al primer lugar donde existió la ciudad.